隨著種子商品化程度的不斷提高，我國有望于2015年成為全球最大的種子銷售市場。但與此形成鮮明對比的是，我國還沒有一家種業企業能進入全球前10強，在種業知識產權領域處于明顯弱勢地位，市場份額不斷被跨國種業巨頭“侵蝕”。

    近年來，我國建立了以新品種保護為核心的種業知識產權制度，加大了打擊侵犯品種權行為的力度，促進了授權品種的轉化應用，知識產權管理水平有所提高，但在應對國際競爭，有效支撐種業未來發展方面還面臨著極大挑戰。

    種業企業知識產權擁有量少截至2013年底，我國農業部受理的種業企業品種權申請量為4253件，授權量1313件。按照5200家種業企業基數計算，平均每家企業只有0.8件申請，0.25件品種權。而孟山都公司在全球擁有授權專利30831件，先鋒國際良種有限公司擁有8348件，先正達國際農業生物技術公司17479件，差距懸殊。

    種業知識產權質量不高首先，在品種權申請中，玉米、水稻和小麥等大田作物的申請量占80％以上，作為發達國家育種研發重點的花卉、蔬菜、水果和其他經濟作物等領域的申請量仍然很少。其次，國內種業企業缺乏長遠眼光，創新度低的商業修飾型多，原創性的主控品種少；急功近利型的短線品種多，防御型、戰略型的原創品種少。此外，99％的品種權申請都集中在國內，到2008年我國向國外的品種權申請僅58件，和荷蘭、美國、德國等發達國家差距很大。

    科研單位種業科技創新轉移轉化渠道不暢目前，我國種業科技創新主要集中在科研單位，在品種權申請人當中，教學科研單位占國內申請總量的58.49％，企業只占35.65％；在授權品種中，教學科研單位占國內授權總量的63.56％，國內企業占32.11％。不同于國外育種企業，我國現代育種過程是一個分布在不同學科中、由不同科研院所分別承擔的任務，這就造成了育種結果的分散、不系統和推廣難。

    種業知識產權保護目標不清晰現階段對于科研院所，知識產權保護很大程度上是為了完成項目任務、報獎、評職稱；對于種業企業，有一部分是為了獲得政府項目支持、獲得高科技企業稱號。